• 1997: Anyang LG Cheetahs (cầu thủ kiêm huấn luyện viên)
• 1998–2005: FC Seoul (HLV)
• 2007–2009: FC Seoul (HLV)
• 2010–2011: Daegu FC (Quản lí)
• 2013–2014: Đại học Cheongju (Quản lí)
• 2015–2016: Daegu FC (Quản lí)
• 2017–: U23 Việt Nam và Đội tuyển Việt Nam (Trợ lí cho Park Hang Seo)

Làm việc tại Việt Nam

Năm 2017, theo lời mời của Park Hang Seo, ông sang Việt Nam làm trợ lý Huấn luyện Viên tại các đội U23 Việt Nam và Đội tuyển Việt Nam. Ông đã cùng các thành viên khác trong Ban huấn luyện và các cầu thủ Việt Nam vào đến tận trận chung kết Giải vô địch bóng đá U-23 châu Á 2018, bán kết môn bóng đá nam Đại hội Thể thao châu Á 2018 và vô địch Giải vô địch bóng đá Đông Nam Á 2018.

Chiều ngày 21 tháng 12 năm 2018 tại Văn phòng Chính phủ trong lễ vinh danh đội tuyển Việt Nam vô địch AFF Suzuki Cup 2018, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Nguyễn Xuân Phúc đã trao tặng cho Lee Young-jin Huân chương Lao động hạng ba do Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng ký quyết định tặng.

Đầu năm 2019, ông cùng đội tuyển Việt Nam vào đến vòng tứ kết Cúp bóng đá châu Á 2019 tuy nhiên đã phải dừng chân trước đội tuyển Nhật Bản với tỉ số sít sao 1-0.

Tại trận chung kết Đại hội Thể thao Đông Nam Á lần thứ 30, sau khi HLV Park Hang Seo nhận thẻ đỏ từ trọng tài trong phút thứ 76, ông thay HLV Park chỉ đạo đội bóng đến hết trận và tham gia họp báo sau trận đấu.[4][5] Trước đó, trong trận đấu với đội tuyển Thái Lan, ông cũng đã phải nhận một chiếc thẻ vàng khi bảo vệ cho HLV Park.[6]